我公司执行农产品核定扣除，采用成本法，按照当期主营业务成本计算允许抵扣的进项税。
我公司从批发零售的商品企业取得免征增值税普通发票的原料，用于生产产成品构成产品的成本，此部分对应的成本能否计算核定扣除进项税？
执行农产品核定扣除是不是与取得的发票没有关系，从商贸企业采购的原料是不是可以按照成本和销量核定计算进项税？
一、核定扣除的定义
农产品进项税额核定扣除是指：根据《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》(财税〔2012〕38号)等文件精神，根据购进农产品所生产的商品或服务的销售情况，按照一定扣除标准，核定出当期农产品可抵扣的进项税额。
也就是说：纳税人购进农产品，原来有票就可以抵，现在是销多少核定你抵多少。进项税额的扣除环节由购进环节，调整为销售环节(个别为生产领用环节，比如农产品用于不构成货物实体的情况)。
二、农产品抵扣方式
1、凭票抵扣：增值税专用发票9%、海关进口增值税专用缴款书
2、计算抵扣
1）农产品收购发票：自己开给自己，左上角有“收购”字样，普通免税发票。一般企业从自然人手里收购农产品。
2）农产品销售发票：销售方为企业可以自开，普通免税发票；销售方为自然人只能代开，左上角有“代开”字样，普通免税发票。
3）增值税专用发票3%：小规模纳税人自开3%专票；小规模纳税人代开3%专票，左上角有“代开”字样；加计扣除1%，用于深加工。
3、核定抵扣：扣除率为销售货物或者服务使用税率。分为——投入产出法、成本法、参照法
三、成本法定义
根据《财政部 国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知》（财税〔2012〕38号）附件1 《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》：
1、第三条规定，试点纳税人购进农产品不再凭增值税扣税凭证抵扣增值税进项税额，购进除农产品以外的货物、应税劳务和应税服务，增值税进项税额仍按现行有关规定抵扣。
2、第四条第二点规定，成本法：依据试点纳税人年度会计核算资料，计算确定耗用农产品的外购金额占生产成本的比例（以下称农产品耗用率）。当期允许抵扣农产品增值税进项税额依据当期主营业务成本、农产品耗用率以及扣除率计算。
公式为：
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期主营业务成本×农产品耗用率×扣除率/（1＋扣除率）
农产品耗用率=上年投入生产的农产品外购金额/上年生产成本
农产品外购金额（含税）不包括不构成货物实体的农产品（包括包装物、辅助材料、燃料、低值易耗品等）和在购进农产品之外单独支付的运费、入库前的整理费用。
对以单一农产品原料生产多种货物或者多种农产品原料生产多种货物的，在核算当期主营业务成本以及核定农产品耗用率时，试点纳税人应依据合理的方法进行归集和分配。
农产品耗用率由试点纳税人向主管税务机关申请核定。
年度终了，主管税务机关应根据试点纳税人本年实际对当年已抵扣的农产品增值税进项税额进行纳税调整，重新核定当年的农产品耗用率，并作为下一年度的农产品耗用率。
四、成本法注意事项：
1、农产品外购金额（含税）不包括不构成货物实体的农产品（包括包装物、辅助材料、燃料、低值易耗品等）和在购进农产品之外单独支付的运费、入库前的整理费用。
2、“农产品外购金额”和生产成本中均不包含从流通环节取得的已享受免税政策纳税人开具的普通发票所对应的金额。
也就是说：
包括增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、小规模纳税人开具3%增值税专票、农产品收购发票、农产品销售发票。
不包括流通环节蛋、鲜肉、蔬菜等免税发票。要求会计核算非常细致。
3、扣除率为所对应应税货物或服务的适用税率，不是农产品所适用的9%税率。
4、农产品耗用率计算结果保留小数点后4位，第5位四舍五入。
5、购进除农产品以外的货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产，增值税进项税额仍按现行有关规定抵扣。
6、“主营业务成本”、“生产成本”中不包括其未耗用农产品的产品的成本。
五、成本法核算案例：
2024年6月，某一般纳税人餐饮企业为日常经营所需购进面粉等农产品并取得增值税普通发票，纳入成本法进行核定扣除。2024年6月当期营业成本100000元，2023年用于经营的农产品外购金额40000，2015年营业成本500000元。
依据试点纳税人年度会计核算资料，计算确定耗用农产品的外购金额占生产成本的比例（以下称农产品耗用率）。当期允许抵扣农产品增值税进项税额依据当期主营业务成本、农产品耗用率以及扣除率计算。
按照下列公式计算：
农产品耗用率=上年投入生产的农产品外购金额÷上年生产成本
= 40000÷500000=0.0800
这里的外购金额是指含税金额。
当期允许抵扣农产品增值税进项税额
=当期主营业务成本×农产品耗用率×扣除率/（1＋扣除率）
=100000×0.0800×6%/（1＋6%）=407.55元
六、容易出现的风险点：
1、购入非农产品计入农产品明细账，核定扣除进项税额，造成多抵扣进项税额。
2、购进农产品取得增值税专用发票，按核定扣除计算进项税额，同时又勾选确认抵扣进项税额，造成重复抵扣农产品进项税额。
3、虚开农产品单价，从而增加期末平均买价增加，造成多抵扣农产品进项税额。
4、计算当期允许抵扣农产品增值税进项税额时，扣除率应为销售货物的适用税率，错误的用了农产品税率，造成少抵扣进项税额。
